Počátky konjunktury rybníkářství sahají do druhé poloviny 14. století, ale s dozněním husitské epochy se zakládání rybníků mění přímo v explozi. Poddaní opouštěli zemědělsky nevýhodnou půdu, která zůstávala ležet ladem. Vrchnosti ji potom využily ke zřízení rybníků tím spíše, že tato činnost nevyžadovala velké finanční náklady. K rozvoji rybníkářství došlo hlavně na pernštejnských (Pardubicko Viléma z Pernštejna) a rožmberských panstvích v bažinatých oblastech Třeboňské a Budějovické pánve, ale rybníky byly zakládány i v oblasti západní Moravy. Na pernštejnských panstvích se přitom proslavil Kunát Dobřenský (tvůrce pardubické rybniční soustavy a asi i Opatovického kanálu, náhonu), na rožmberských panstvích pak zejména Štěpánek Netolický a později Jakub Krčín z Jelčan. Současný dochovaný stav rybníků je jen zlomkem jejich původního počtu (zejména rybníky na Pardubicku byly později vysušeny a přeměněny v pole a louky).

Jméno Štěpánka Netolického naznačuje, že pocházel z jihočeských Netolic a jeho rodiče byli zřejmě poddanými měšťany Rožmberků. Je zřejmé, že cestu k uplatnění Štěpánkovi otevřely jen jeho mimořádné schopnosti nebo možná jen obyčejná náhoda. Ať už byly jeho začátky jakékoliv, jisté je, že za první Štěpánkovo dílo můžeme pokládat rybník (Velký) Tisý, přestože zde pracoval jen jako pomocník Kunáta mladšího Dobřenského z Dobřenic, královského fišmistra z Kolína. Štěpánek byl vybrán navzdory tomu poněkud zarážejícímu faktu, že předtím nepatřil k personálu rožmberské rybniční soustavy, ale pracoval jako obyčejný myslivec, a to asi od počátku 90. let 15. století. I jako rybníkář dlouho dostával takovou výši platu, která by mu náležela, kdyby nadále plnil svou původní funkci. Teprve po delší době byla jeho skromná mzda zvýšena.

Štěpánek se důkladně seznámil se starou rybniční sítí třeboňského panství a brzy rozeznal její přednosti i nedostatky. Asi roku 1505 se stal porybným na třeboňském panství Rožmberků. Již následujícího roku předložil rožmberskému vladaři Petru IV. návrh na reorganizaci celého rybníkářství. Pochopil totiž, že rybniční síť nelze nadále rozmnožovat živelně jako dosud a budovat nové rybníky bez zřetele ke stávajícímu komplexu. Nepromyšlenost totiž vyvolávala potíže v zásobování vodou.

Staří rybníkáři dobře věděli, že úspěch hospodaření závisí do značné míry na kvalitě přítoku vody. Hlavně v zimě rybníkům, které nebyly dostatečně zásobovány vodou, hrozilo nebezpečí v podobě úhynu ryb. Tehdy samozřejmě neznali skutečnou příčinu, nedostatek kyslíku, ale měli odpozorováno, že nebezpečí lze minimalizovat stálým přílivem zdravé vody. Nezkušení chovatelé by se prostě snažili stavět rybníky na vodnatých říčkách a potocích, ale skuteční rybníkáři znali nevýhody takového počínání - potoční voda s sebou z hor přináší písek a kamení. Naproti tomu voda přivedená z řeky pomocí stoky přináší různé ryby a rybník tak může druhově obohatit. Hlavním důvodem stavby stok byl ale ten fakt, že voda z hor má prudký spád a je chladnější, což není vhodné pro chov kaprů. Voda tekoucí z rovných plání je oproti tomu prohřátá a pro kapry ideální. Štěpánek vypracoval velkorysý plán, podle něhož byla v letech 1508-1518 realizována stavba 48 km dlouhé stoky, jíž později vrchnost pro hospodářský užitek, který přinášela, nazvala Zlatou. Stoka vede z Lužnice, spojuje řadu rybníků mezi Chlumem a Veselím nad Lužnicí a před Veselím vtéká zpět do Lužnice. V té době to byl nejdelší umělý náhon ve střední Evropě. Štěpánek se ale zajímal i o stavbu rybníků v odlehlejších částech panství. Ne všechny jeho projekty došly naplnění, například jeho návrh na vybudování tří centrálních rybníků a množství drobných a středních nádrží na chování kapří násady by jistě po realizaci za 38 tisíc grošů přinesl z dlouhodobého hlediska zisk, ale vrchnost a její rádci se zajímali pouze o okamžitý finanční profit. Rybníkář se musel spokojit s dílčími úpravami.

Štěpánek Netolický byl mimořádně nadaným technikem a stavitelem. Ve svém díle navázal na staleté zkušenosti českých rybníkářů a obohatil tradiční techniku nejedním novým prvkem. Nestavěl samoúčelně, ale vždy se zřetelem k optimálnímu ekonomickému výsledku.

Nyní na chvíli odbočme ke konstrukci umělých vodních nádrží. Stavba rybníků byla totiž velmi náročným technickým dílem. Velké nároky byly kladeny na rybníkářské mistry, kteří vlastně celou stavbu vedli, a tudíž museli mít stejné technické znalosti jako fišmistři. Tehdy neexistovala žádná odborná škola, takže rybníkářský tovaryš získával základní vědomosti z praxe - z dlouholeté práce na stavbách a sbíráním rad a zkušeností starých mistrů.

Rybníkáři sice netvořili pevnou cechovní organizaci, přesto se zde uplatňovala určitá pravidla. Rybníkáři mezi sebe přijali jen osvědčené muže, kteří prokázali, že se neleknou ani nejobtížnějších problémů stavby. Úředníci feudálních panství také pečlivě vybírali nejlepší mistry a jen jim svěřovali výstavbu nových rybníků. Rožmberská správa jejich práci oceňovala zhruba na stejné úrovni, jako byly výdělky řemeslnických mistrů. Na jaře a na podzim, kdy byl kratší pracovní den, dostávali pět míšeňských grošů a v létě šest.

Jednotliví mistři kolem sebe shromažďovali skupiny rybníkářských dělníků. Někdy se rybníkáři stěhovali na stavby i se svými rodinami. Poblíž staveniště si budovali primitivní chatrče nebo přístřešky, v nichž po celé léto bydleli. V táboře rybníkářů o zábavu nikdy nebyla nouze, v sobotu nebo v neděli po výplatě se bujně oslavovalo. V 16. století vládly všeobecně drsné mravy, tím spíše mezi stěhovavou cháskou rybníkářů. Mezi ně se mnohdy vloudili lidé s pochybnou minulostí a s nepoctivými úmysly. Se zloději v táborech se dokázali vypořádat rybníkáři sami, neohlíželi se na panské úřady ani na soudy. Společnost, hlavně panstvo, se s rybníkáři právě nemazlila, a tak nepřekvapuje, že se s nimi setkáváme na stránkách smolných knih, kam se zapisovaly výslechy mučených provinilců. Mnozí se přidávali k tlupám lapků, kteří přepadali pocestné, někteří se na zlodějinu dali prostě proto, že je omrzela těžká práce a hledali snazší cestu, jak si vydělávat na živobytí. Jelikož za krádež a loupež se praktikoval jediný trest, smrt, nejeden rybníkář skončil na mučení a na šibenici.

Rybníkáři sice ctnostmi, jak patrno, zrovna nevynikali, zato jim nikdy nechybělo vědomí soudržnosti, které plynulo už z toho, že stavba rybníka byla prací kolektivní, týmovou.

Rybníkáři se museli dokonce zabývat zemské sněmy. Roku 1498 poprvé český sněm nařídil: "Item což se rybníkářů a nádeníků a podruhů dotýče, že mají všickni dědičné pány míti, a to konečně do sv. Martina nejprv příštího, a kdyžby chtěli na své dílo rybníkářské jíti, mějte od svých pánů listy; a ktož bez listu přijde, aby toho vsadili jako zločince." Po skončení práce se měli rybníkáři s listem od zaměstnavatele vrátit do čtrnácti dnů k svému pánovi nebo přejít na jiné pracoviště. Během 16. století sněm toto nařízení několikrát opakoval a hrozil tresty každému, kdo je nebude dodržovat. Výkonná moc však často zaostávala za zákonodárnou, takže většina nařízení zůstávala jen na papíře.

Vedle profesionálních rybníkářů pracovaly při stavbách desítky, často dokonce stovky příležitostných dělníků. Stavba větší nádrže přilákala chudé lidi z měst i vesnic v širokém okolí, kteří se jinak živili nejrůznějšími pomocnými pracemi na stavbách domů, na vinicích, v létě pomáhali při žních a v zimě se živili, jak se dalo.

Pracovní doba byla čtrnáct až šestnáct hodin denně, s krátkými přestávkami na jídlo. Rybníkáři se založenýma rukama byli vrchnostenskými úředníky přísně trestáni. Někdy však meteorologické podmínky - zejména déle trvající déšť, který promáčel zeminu tak, že se nedala zpracovávat - přerušily jakoukoli práci i na několik dní v týdnu. Nepracovalo se ani o nedělích a církevních svátcích. Pracovní týden byl obvykle zkrácen na pět či pět a půl dne týdně, protože těžkou námahu lidé déle nevydrželi.

Od počátku 16. století se zachovalo již několik velmi podrobných výplatních knih se jmény a místem, odkud dělník pocházel, počtem odpracovaných dní a výší vyplacené mzdy. Velmi cenný historický pramen umožňuje poznat, kdo na stavbách rybníků pracoval a za jakých podmínek. Z výplatních knih nejednou vysvitne i mazanost vrchnostenských úředníků, kteří řídili výplatu. Písař tu a tam prostě poznamenal některého dělníka do knihy dvakrát i s udáním mzdy. Spoléhal na to, že nikdo po něm nebude zápisy kontrolovat, a peníze schoval do své kapsy.

Za těžkou práci rybníkáři (ne mistři) dostávali podle délky pracovního dne zpravidla tři až čtyř groše míšeňské. Ve srovnání například s nádeníky byli placeni velmi slušně, zvláště když k denní mzdě obyčejně dostávali trochu piva, někde dokonce i kus chleba. Rybníkářské práce však byly sezónní. Začalo se stavět na jaře a podzimní mrazy přerušily práci na celou zimu. Čtyři až pět měsíců se tedy nedalo vůbec pracovat. Pro rybníkáře bylo v tomto období velmi obtížné sehnat jinou práci.

V předhusitských dobách feudálové ještě nevymáhali mnoho robot při stavbách hrází a rybničních zařízení, v 16. století se však poměry změnily a přibylo nucené bezplatné práce. Nejčastěji se jednalo o stavby a opravy taras na hrázích, které však zpravidla dlouho neodolali náporu vln a větru, a tak se musely každoročně obnovovat. Na některých místech zápisy v urbářích dokládají i vyžadování pomoci při výlovu rybníka. Leckde poddaní také rozváželi robotou ryby - každého kapříka za jeho pěti až šestiletý život stěhovali nejméně dvakrát - z třecích do výtažních rybníků a potom do velkých násadních rybníků, značnou část ryb bylo navíc potřeba dopravit do sádek. Tíživost robot nevyvážila ani peněžitá náhrada.

Ke zřízení nových rybníků potřebovali páni velké plochy půdy. Někde stačily pozemky, jež bezprostředně patřily vrchnosti (dosud neobdělaná půda, pastviny, louky, panské lesy, část polí od vlastních dvorů), jinde bylo třeba zatápět i poddanskou půdu.

V takovém případě například na Třeboňsku mnohdy docházelo k odnětí celých gruntů bez náhrady v pozemcích, ale zato s finanční náhradou, která poddanému umožňovala zakoupení gruntu v jiné vesnici. Vrchnost se však nerada zbavovala poddaných, neradi je vyháněli na jiná panství, protože kdo by jinak lacino stavěl rybníky, draho kupoval nalovené ryby, kdo by pravidelně odváděl daně a dávky do panských pokladen, kdo by robotoval?

Úrodnost jednotlivých rybníků byla různá a znal ji fišmistr, který pak podle ní rybníky osazoval optimálním množstvím kapří násady. Rybníkáři Štěpánkovy generace užívali také účinných způsobů zúrodňování rybníků, především letnění. Po podzimním výlovu nechali rybník bez vody přes zimu i po celou další sezónu a teprve na jaře následujícího roku uzavřeli výpusti a rybník napustili vodou. Zřejmě tu uplatňovali zásadu úhorování, běžnou v zemědělské praxi.

Příjmy plynoucí z poddanských platů se podstatně neměnily, někde se i po staletí udržovaly na přibližně stejné úrovni. Naproti tomu výnos rybníkářství měl vzestupnou tendenci. Napomáhala tomu jednak pokračující výstavba rybničních sítí, jednak také dosti výrazný vzestup cen ryb v průběhu 16. století.

Věhlas třeboňského fišmistra si záhy proklestil cestu za hranice rožmberského dominia i za hranice království, a to díky rožmberským kontaktům s hornorakouskou šlechtou, jejíž mnozí příslušníci poznali za svých návštěv na vlastní oči krásu a bohatství rožmberských rybníků. Řada českých šlechticů Štěpánka také zvala na svá panství a žádali jej o radu. I sami Rožmberkové využívali Štěpánkových schopností i při jiných projektech, kupříkladu kolem roku 1530 se znovu uvažovalo o prodloužení splavnosti Vltavy až k hornímu toku pro voroplavbu, která by umožnila využít dosud nedotčených šumavských hvozdů jako zdroje dřeva. Největším problémem byla Čertova stěna, jež bránila plavbě větších vorů. Štěpánek zvolil nejvýhodnější alternativu - doporučil uvolnit řečiště částečným odtrháním překážky. Návrh se sice pravděpodobně z finančních důvodů neuskutečnil, ale později se podobných plavebních koryt na Šumavě běžně užívalo.

Štěpánek Netolický přivedl rožmberské rybníkářství k prvnímu vrcholu. Byl skvělým stavitelem, všestranným znalcem chovu kaprů a především vynikajícím ekonomem, takže ho bez nadsázky lze považovat za opravdového renesančního člověka. Zásady, jež ve svých dílech uplatňoval, neztratily ani po staletích platnost, jeho nevelké, mělké, ale vysoce užitkové rybníky dodnes vyhovují potřebám moderního chovu kaprů. Pro Štěpánka nebyl důležitý vnější efekt, jeho rybníky neoslňovaly rozlohou a mohutností hrází, ale kvalitami.

Stavitel téměř padesátky rybníků za své zásluhy získal roku 1519 od své vrchnosti menší statek a taková privilegia, že byl prakticky zbaven poddanství.

Český rybníkář Jakub Krčín z Jelčan a Sedlčan se narodil asi roku 1535 v nezámožné vladycké rodině a zemřel roku 1604. Zřejmě pro nedostatek prostředků nedokončil studium na pražské univerzitě. Začal pracovat jako hospodářský správce na velišském panství Trčků, pak nějakou dobu působil jako úředník v borovanském klášteře u probošta Matěje Kozky a konečně v roce 1561 vstoupil do služeb Viléma z Rožmberka, a to jako podpurkrabí na Českém Krumlově (již o rok později povýšil na purkrabího). Roku 1569 se stal regentem (správcem) všech rožmberských panství. To s sebou přineslo svěření rozsáhlých pravomocí do jeho rukou - kontrolu nad veškerou hospodářskou činností, úřednictvem a poddanými.